景區內的莫斯卡溝自北而南流入磨子溝，繼而進(jìn)入革什扎河。保護區以莫斯卡溝流域范圍為主，北與錯郎溝分水嶺為界，西以與丹東河之間的分水嶺為界；南以拉龍溝為界東則以莫斯卡溝與阿科里溝的分水嶺為界。

　　莫斯卡自然保護區內出露地層由三疊系中統雜谷腦組之海相碎屑巖與泥質(zhì)巖組成，地層傾向北東，形成明顯的單面山地貌，莫斯卡溝左岸（東岸）陡而短，右岸（西岸）緩而長(cháng)且多支流。自北而南有各沖溝、金龍溝、敬其溝、卡斯甲溝與拉龍溝等五條支溝，它們的流向受構造控制明顯，甚至反方向入匯主溝谷。雜谷腦組地層在莫斯卡溝出露的以砂巖為主，板巖次之，間夾數層灰至深灰色薄層狀灰巖及泥質(zhì)灰巖，厚度大于700米。由于砂、板巖的抗風(fēng)化能力較強，因而多數形成深切溝谷地貌，谷坡陡峭，溝中多急流瀑布，為景區平添了許多精致的山水景觀(guān)。而在4500米以上為古夷平面的殘留，地勢平坦開(kāi)闊，多數為積雪期較長(cháng)的荒漠灌叢占據。

　　莫斯卡溝為一條明顯的在冰川谷基礎上發(fā)育而成的現代溝谷，谷中冰磧物分布普遍，為景區內景觀(guān)的主要分布區。山水、瀑布急流、巖溶肖形景觀(guān)及森林、草地等動(dòng)植物景觀(guān)遍布大小溝谷中。森林樹(shù)種有云杉、冷杉、紅樺、白樺、高山楊等；動(dòng)物則有白唇鹿、豹、雪豹、金雕、玉帶海雕胡兀鷲等國家一類(lèi)保護物種和藏酋猴、獼猴、豺林麝等國家二類(lèi)保護動(dòng)物27種；另有白冠鹿、藏馬雞、藏狐等省級重點(diǎn)保護動(dòng)物7種。各種野生動(dòng)物保護完好，乃至出現寺廟中人獺和平共處的罕見(jiàn)景觀(guān)。